县纪委县监委机关设13个内设机构：
一、办公室。负责机关日常运转工作；筹备组织重要会议、活动；组织起草有关文件文稿；督促检查有关工作落实情况，组织人大建议、政协提案答复办理；负责机要保密、综合考核、综治维稳、精神文明、财务管理、国有资产管理、房管基建和安全保卫等后勤管理服务工作；负责机关和派驻机构涉案款物保管；负责职工医疗和卫生防疫工作；负责信息化建设工作；负责综合分析全面从严治党、党风廉政建设和反腐败工作情况，开展政策理论及课题调研，处理纪检监察学会日常工作；负责提出制度建设规划、计划，参与起草制定规章制度和规范性文件；负责制度咨询答复、解释指导、备案审查、清理编纂等。
二、组织部。根据干部管理权限，负责纪检监察系统领导班子建设、干部队伍建设和组织建设的综合规划、政策研究、制度建设和业务指导；负责机关、派驻（出）机构、巡察机构干部人事、机构编制、工资福利等工作；会同有关方面做好派驻（出）机构、巡察机构、乡（镇）纪检监察机构领导班子成员的提名、考察等工作；负责全县纪检监察干部教育培训工作；协调办理县管干部党风廉政意见回复、任前廉政谈话工作；组织协调县纪委县监委领导班子民主生活会工作；负责机关党建、工会和退休干部服务管理工作等。
三、宣传部。负责组织协调全面从严治党、党风廉政建设和反腐败宣传教育以及预防职务犯罪工作；负责机关新闻事务、意识形态和有关网络信息宣传工作；负责廉洁文化建设和纪检监察报刊等资料的征订发放，管理双柏县廉洁教育基地；负责纪检监察网站、微信平台建设管理，协调网络舆情收集、研判、处置工作等。
四、党风政风监督室。负责综合协调全县贯彻执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等情况的监督检查；综合协调党的政治纪律和政治规矩执行；综合协调贯彻落实中央八项规定精神、纠正“四风”工作；综合协调整治群众身边和扶贫领域腐败和作风问题；综合协调党内监督、党的问责等工作，推动管党治党政治责任落实；综合协调县纪委县监委机关参与调查的事故、事件中涉及的监督对象违纪违法行为和需要问责情形的调查处理；综合分析党风政风监督工作情况，开展调查研究，提出建议；组织开展党风政风监督专项检查；指导纪检监察系统党风政风监督工作；承担县委党风廉政建设领导小组办公室日常工作等。
五、信访室（检举举报平台中心）。负责受理对党的组织、党员违反党纪行为和对行使公权力的公职人员职务违法、职务犯罪行为等的检举控告；归口受理对县委管理的党的组织和党员、干部以及监察对象涉嫌违纪或者职务违法、职务犯罪问题的信访举报，统一接收派驻机构和乡（镇）纪委报送的相关信访举报，分类摘要后将问题线索类信访举报移交案件监督管理室；受理党员对县纪委作出的党纪处分或其他处理不服的申诉、监察对象对县监委作出的涉及本人处理决定不服的复审申请；综合分析信访举报情况；接待群众来访，处理群众来信和电话网络举报事项等。
六、案件监督管理室（信息技术保障室）。负责对监督检查、审查调查工作全过程进行监督管理，履行线索管理、组织协调、监督检查、督促办理、统计分析等职责；统一受理巡察机构和审计、行政执法、司法等单位移交的问题线索，实行集中管理、动态更新、定期汇总核对，提出分办意见移交执纪监察室；统一受理下级纪检监察机关线索处置和案件查办报告，分送有关部门；归口管理审查调查工作中与有关部门联系协调事项；对调查措施使用情况进行监督管理，监督检查依纪依法安全办案情况；负责监督检查、审查调查中的信息技术保障；组织协调有关部门集中整合、统一管理相关信息，面向全县纪检监察机关，承担特定信息查询核实等工作；负责电子取证相关装备和谈话点使用管理；承担县委反腐败协调小组办公室的日常工作等。
七、第一至第五执纪监察室。履行依纪依法监督、执纪审查和依法调查处置的职责。监督检查联系单位领导班子及县管干部遵守和执行党的章程和其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规，推进全面从严治党，依法履职、秉公用权、廉洁从政从业以及道德操守等方面的情况；监督检查联系单位党委（党组）落实管党治党主体责任的情况，指导检查督促派驻机构落实纪检监察责任，实施问责；向监察对象所在单位提出监察建议；综合分析研判问题线索，对适用“四种形态”的，按程序提出处置意见；承办涉嫌严重违纪或者职务违法、职务犯罪问题线索的初步核实和立案审查调查，以及其他比较重要或者复杂案件的初步核实、审查调查，并提出处理建议，审查调查时不固定联系单位，实行“一案一指定”“一案一授权”；综合协调、指导联系单位及其系统的纪检监察工作等；负责统筹追逃追赃、防逃和反腐败涉外合作相关工作，承担县级立案调查的外逃职务犯罪嫌疑人的线索核查、立案、调查取证等。
八、案件审理室（申诉复查室）。负责审理县纪委县监委直接审查调查和乡（镇）党委、纪委报批或者备案的违反党纪和职务违法、职务犯罪案件，严格依规依纪依法提出处理或者处分意见；承办党员对县纪委作出的党纪处分或者其他处理不服的申诉案件、监察对象对县监委作出的涉及本人处理决定不服的申请复审案件，以及其他需要由县纪委县监委办理的申诉、复核案件；承办县纪委县监委审查调查的有关案件向检察机关移送起诉工作等。
九、纪检监察干部监督室。负责监督检查全县纪检监察系统干部遵守和执行党章以及其他党内法规，遵守和执行党的路线方针政策和决议、国家法律法规等方面的情况；负责受理对县纪委县监委机关各部门、派驻机构和巡察机构干部，乡（镇）纪检监察干部涉嫌违反党纪、职务违法和职务犯罪等问题的举报，提出处置意见并负责问题线索的初步核实及立案审查调查工作等。